影片根据兵器真人化游戏《刀剑乱舞ONLINE》改编，刀剑男士们将介入织田信长、丰臣秀吉的“本能寺之变”。...

　　时为战国。醍醐之国主景光，在某所寺院的大堂中，向12尊鬼神像许愿领土繁荣。作为交换而诞生的景光之后嗣，身体各处都有所欠缺，被视作不祥之子而抛弃到河川之中。时光流逝，鬼神实现了与景光的约定，国家迎来了平安。这样的某天，名为“多罗罗”的年幼盗贼，与某个男人相遇。　　那是鬼，还是人——两臂装有刀剑，全身皆为人造的男人“百鬼丸”，其无光之瞳紧紧盯着袭来的妖魔。...

以黑长发女性为目标的连续杀人事件解决数月后，在同一事件现场又发现了新的身份不明的尸体。过去受过创伤的刑警·加贺谷学（千叶雄大）为了探究真相，前往自己曾经逮捕过的连续杀人狂·浦野善治（成田凌）那里。“是你杀的吗?”面对加贺谷的询问，狱中的浦野透露了自己尊为老师的“M”这个神秘人物的存在。不久，加贺谷得知恋人松田美乃里（白石麻衣）被神秘男子盯上后做出了痛苦的选择，于是决定委托浦野协助调查……...

　　改编自超人气手游《刀剑乱舞-ONLINE-》超越次元的历史娱乐大作！西元2205年，历史修正主义者主张改变历史，派出时间溯行军对过去展开攻击。为了与之对抗，肩负历史守护责任的「审神者」唤醒从前的刀剑，将之化为人形，人称他们为“刀剑男士”。天正十年六月二日，织田信长遭到明智光秀叛变的本能寺之变，遭历史修正主义者盯上，时间溯行军企图让信长从失火的本能寺中逃脱，藉此改变历史，所幸被刀剑男士们顺利阻....