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应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次，KERORO军曹的面前出现了最新！最恶！最强的敌人！！故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观，喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴，可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹，后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时，冬树一瞬间...

真的有外星人么？他们长什么样？来地球做啥？《青蛙军曹》里，这批号称要侵略地球的外星入侵者是来自Gamma星云第58号行星“K隆星”的人，不，更准确的说应该是“蛙”。5蛙先遣小部队来蓝星做取样调查，结果队长keroro军曹行踪败露，被蓝星人日向一家发现并活捉，侵略利器“Kero球”也落到了弟弟日向冬树手里。而大本营侵略飞船见情况不妙，便仓皇逃离。留下了先遣部队5蛙组散落在蓝星，等待后续商讨。无依无靠...